根据目的蛋白的来源及所选用的表达宿主（真核或原核），对用户所提供的DNA序列进行分析，必要时进行密码子的优化，以提高表达阶段的产量。另一方面，制定表达的策略，具体涉及启动子（如T7，tac，CMV等）、筛选标记（Amp、Kan、Cm、Neo等）、信号肽等，选定合适的载体，通过PCR、酶切连接等一些列分子生物学技术构建最终的质粒，并通过完整DNA的测序确保无突变产生。
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